那一年21岁的劳拉·克劳馥义无反顾地登上了"坚忍"号轮船，开始了她人生中的第一次探险，寻找消失的邪马台。但是出师不利，还没到达目的地，探险队所乘的轮船就被猛烈的风暴击沉。探险队的成员们在一座孤岛中散落各处。
在洞穴中醒来的劳拉挣开束缚逃脱后，在寻找其他幸存者的途中见到了本次探险的赞助人之一西村和一位自称是游客的陌生男子马蒂亚斯。西村是劳拉非常要好的一个朋友，也是邪马台人的后裔。她以赞助者代表的身份跟随探险队一同前行。
在火堆旁相聚的三人聊起了邪马台的传说，但是身受重伤和过于劳累的劳拉很快就睡了过去。醒来后劳拉发现先前的二人不见踪影，不过很快一部分已经集合的队友闻声赶到了劳拉的所在地。经过一番讨论，众人决定分头行动寻找剩下的队友。
劳拉和考古学家惠特曼博士一组，而在此过程中劳拉和惠特曼发现了这座岛上存在着一些崇拜邪马台女王卑弥呼的痕迹，也由此证明了他们机缘巧合得来对了地方。但是还没等进一步探索，岛上的居民就抢先一步将二人绑走。
一番激烈的斗争，劳拉干掉了匪徒的首领，顺利逃脱。但是当她回过神来的时候才发现惠特曼不见了踪影，不过劳拉很快就恢复了清新。这次的遭遇让年轻的劳拉意识到想在这片未知的丛林生存下去只能坚强，于是她捡起武器继续前行。
在一个村落中劳拉看到了身受重伤的坚忍号船长冒险家罗斯，可以说这位冒险家是劳拉的第二个父亲。劳拉的亲生父亲去世后一直是罗斯在照顾劳拉，同时因为知道劳拉和他的父亲一样热爱探险，也将探险技能和知识倾囊相授。
而在二人的一场促膝长谈之后，劳拉也意识到了她必须拯救罗斯和其他探险队员，于是独自踏上了前往信号塔的路途，而信号塔则是唯一能向外界发出呼救信息的地方。虽然经过一番折腾，劳拉顺利到达了信号塔，也呼叫来了救援飞机，但是意外又不出意外地发生了。猛烈的风暴无情地摧毁了救援机。虽然救援队员们通过跳伞顺利抵达地面，但是却被岛上的居民杀死。看到这一幕的劳拉很是震惊，她意识到这座岛上的居民远比她想象中的残暴。
而经过一番的调查，她也了解了这些岛民的底细，原来这群人隶属一个名为"索拉里"的邪教组织，这一组织为卑弥呼服务。卑弥呼是一个能够控制风暴的女王，而为了让自己及其能力永生，她会在肉身即将死亡时寻找继承人，并将灵魂以夺舍的方式注入到继承人体内。
而能否在大火献祭仪式中活下来，则是判断一个人是否能够成为继承人的重要条件。最传统，因为一个勇士而终结。在被选定为继承人后，这位勇士英勇得前往仪式现场，在卑弥呼的灵魂即将注入到自己体内的时候切腹自尽，并以这样的方式将卑弥呼的灵魂永远地困在了自己的体内。
所以这时的卑弥呼急需一个新身体，"索拉里"的人则被奉命为卑弥呼寻找继承人。他们之所以会言听计从，原因是这一组织的首领被卑弥呼的风暴困在了孤岛上，而卑弥呼则以自由的条件让其为自己服务。
而这位首领正是先前与西村在一起的马蒂亚斯，他会接近西村，也正是因为西村是邪马台人的后裔，是卑弥呼继承人的最佳人选。果不其然，在献祭仪式上，一场猛烈的风暴让不得动弹的西村在大火中活了下来。而得知这一切的劳拉意识到，她现在的使命不仅有救下西村和拯救探险队员那么简单，想要离开这座小岛，她还需要击败能够控制风暴的卑弥呼。
虽然这并不容易，艰难的路途上也有不少队友因此牺牲，但是化身为女武神的劳拉最终还是成功干掉了马蒂亚斯，击败了卑弥呼，毁掉了邪马台国中长久以来实行的邪恶仪式，并救下了好友西村和其他探险队员。发生在这座孤岛上的故事也随着风雨停止太阳升起而正式落下帷幕。
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